Conjunto documental relativo ao exercício dos poderes de ordem do reitor, ou seja: a proclamação da palavra de Deus, a santificação dos fiéis e a administração dos sacramentos. Integra documentos destinados a registar os atos de culto, os sacerdotes que os celebram, as intenções dos fiéis, as peregrinações e a administração dos sacramentos do batismo e do casamento, assim como Programas Pastorais. Inclui também documentos de despesa e registos de receita e despesa elaborados por D. Maria de Jesus Atalaya, entre 1961 e 1992. A capela manteve contabilidade autónoma, desde 1960 a 1977. Esta secção inclui uma subsecção com a documentação produzida pelo Vicariato Paroquial de Cristo Rei que existiu entre 1977 e 1999, para manter a ligação à diocese de Lisboa do território onde estava o Santuário e o Seminário de S. Paulo.
Nesta secção incluíram-se diversos conjuntos documentais que a Irmandade produzia para atestar a posse, inventariar e administrar os bens doados pelos diversos testadores. Esta secção está organizada em duas subsecções documentais distintas: Inventários de bens (IN) e gestão das propriedades e inquilinos (PR).
Esta secção é constituída pelos documentos que atestam a actividade administrativa do Montepio Eclesiástico do Reino, incluindo uma série de correspondência recebida dos sócios do Montepio (1845-1861).
Inclui documentação relativa à administração dos bens e rendimentos da Congregação de Nossa Senhora da Caridade tendo em vista a objetivação da sua missão nas suas duas facetas, a saber, a assistência aos pobres e doentes e o culto da Nossa Senhora da Caridade.
Esta secção integra os conjuntos documentais referentes à gestão financeira da Irmandade dos Clérigos Pobres, constituída por uma série de contas da receita e despesa (1870-1876).
Nesta secção reúnem-se todos os conjuntos documentais que testemunham a actividade financeira da Irmandade de São Miguel e Almas, a saber: as séries de receita e despesa do Cofre dos Pobres (1827-1832), a de conta geral da receita e despesa da Irmandade (1826-1892), a dos livros diário da receita e despesa (1843-1892), de copiadores de recibos (1849-1860), a de registo de ordens de pagamento (1843-1853), a colecção de documentos comprovativos de receita e despesa (1826-1879), a de orçamentos e contas de gerência (1854-1868), a da conta da obra do Altar de S. Miguel (1868-1870) e do conjunto de recibos de anuais e jóias dos mesários (1829-1870).
Esta secção inclui a documentação referente à gestão patrimonial da Irmandade de S. Miguel e Almas, composta por uma única série - a de inventário dos bens da Irmandade (1843-1861).
Foi incluída nesta secção a documentação que diz respeito à constituição, regulamentação e orgânica da Irmandade do Santíssimo Sacramento e todos aqueles documentos que estabeleciam privilégios, direitos e deveres dos irmãos e empregados da Irmandade: as séries de Compromissos e Estatutos originais (1817-1935), a de Estudos, projectos, cópias e outros documentos relativos aos Compromissos e Estatutos da Irmandade (1788-1991), a de Regulamentos internos da Irmandade do Santíssimo Sacramento (1923-1924) e a de Compromissos e Estatutos de outras Irmandades e Confrarias (1955-1987).
Conjunto documental que compreende a produção intelectual de Susan Lowndes, nas suas diversas vertentes. A mais abundante diz respeito à sua função de correspondente de imprensa. Contém ainda textos produzidos para obras de caráter geral e guias de viagem. Susan Lowndes, residindo em Portugal, fazia a cobertura jornalística da atualidade portuguesa, com especial incidência nos assuntos da religião e da Igreja Católica e nas relações entre a Igreja e o Estado, correspondendo-se com periódicos católicos editados na Grã-Bretanha e Estados Unidos da América.
Conjunto documental que enquadra as atividades estudantis de José Maria Braga da Cruz enquanto aluno do Liceu Central de Braga e aluno da Faculdade de Direito da Universidade de Coimbra.
Documentação que reflete o âmbito de interesses pessoais de Susan Lowndes. Correspondência, fotografias, pagelas e outras recordações, publicações de diversos tipos, abaixo-assinados, apontamentos e escritos, documentação relativa a retiros de oração e um certificado de Crisma.
Conjunto documental referente à vida particular de António Lino Neto. Integra correspondência sobre assuntos de cariz pessoal e familiar, fotografias de familiares, uma receita médica, uma guia para inspecção pela Junta da Comissão de Recrutamento do concelho de Mação, uma minuta de testamento, escritos e outros documentos com informação relativa à vida familiar de Lino Neto.