Um dos livros tornados obrigatórios segundo as Instruções do Governo Civil de 1843, foi o Livro de Inventário de todos os bens, rendimentos e alfaias. Neste livro se registaram diversos inventários de bens desta Irmandade de S. Miguel e Almas: dos anos de 1843, 1852, 1857 e 1861.
Fichas com a descrição individualizada por objecto, apresentando os seguintes elementos: descrição do objecto, a quantidade existente e o valor monetário atribuído.
A informação encontra-se organizada por localização - sala ou corredor, armários e prateleiras, indicando: quantidade, descrição dos paramentos ou alfaias, características, cores e observações (ex.: falta, usado, novo, para acompanhar o Santíssimo, no trono, no cemitério, com guarnição de ouro fino, etc.). Apresenta descrição dos objectos a cargo do irmão procurador da Mesa, do fabriqueiro, do tesoureiro, do andador e do escrivão da Mesa e localizados na Casa dos Armários, na Casa da Cera, no corredor, Casa da Fábrica e na Igreja. Possui uma anotação na primeira folha: “Em 22 de Fever.º de 1830 tomei posse do cargo de Procurador da Mesa da Irmand.e do SS. Sacram.to da Freg.ª de N. S. da Encarnação e nesto caderno estão assentes todas as Alfaias pertencentes a d.ª Irmand.e com as faltas q apontei nos seus competentes lugares”. Não possui termos de abertura e de encerramento. Consultar também Cartório - Diferentes objectos, Maço 1, n.º 23 (ref.ª PT-INSE-ISSIE/CT/04-01).
Série constituída por um livro que contém um inventário dos valores de que tomou posse a Comissão Administrativa da Irmandade do Santíssimo Sacramento no dia 16 de Março de 1911, indicando os valores em numerário, em inscrições e em propriedades.
Série constituída por duas unidades de instalação: a primeira trata-se de livro dividido em duas partes: uma com os livros existentes no Arquivo da Irmandade, datado de 1820, seguido de um índice onomástico dos tesoureiros e escrivães e a descrição dos documentos avulsos, organizados por armário e maços onde estavam acondicionados. A segunda unidade é um maço onde foram acondicionadas umas folhas com minutas de descrição de documentos contidos em maços, sem indicação de data de produção, numerados de um a catorze, indicando o número de processo e descrição do conteúdo.
Inventários dos bens da Irmandade de S. Miguel e Almas, realizados em 1843-11-01, 1852-05-28, 1857-11-30 e 1861-06-20. Possui termos de abertura e encerramento.
Inventário bastante completo, datado de 1882-07-09, com o registo dos bens da Irmandade divididos por tipologias (f. 1-26 v.º): registo de padrões próprios e hipotecados, Alvarás, Apólices de companhias, Títulos de dívida distratada, propriedades, Títulos de Dívida Pública, prata, casquinha, latão, crucifixos, Santo Sudário, imagens, quadros (na Igreja, baptistério, sacristia da Igreja e sacristia da Irmandade, na Casa de Despacho, no corredor da sacristia e na arrecadação), Altar do Menino Jesus, paramentos e pavilhões de várias cores, frontais, mangas de cruz, alvas, amictos, cíngulos, corporais, palas, manistérgios, sanguinhas, toalhas do lavatório, das credenciais, de Altar, de Urna, da Mesa da Comunhão, do Vazo, etc., entre muitos outros bens móveis descritos ao pormenor. Existe uma revisão do inventário no segundo semestre de 1898 (f. 28); um inventário dos valores pertencentes à Irmandade datado de 1917-07-30 (f. 37), apresentando uma descrição do edifício da Igreja, papéis de crédito, propriedades, alfaias, móveis, roupas, loiças e vidros, imagens, quadros, prata, ouro e paramentos. No fólio 46 v.º referem-se dois livros manuscritos: “Genealogia Histórica” e Memórias Úteis. Na folha 47 existem ainda dois aditamentos ao inventário de 1917 (de 1918-05-13 e 1920-08-10). Existe outro Inventário de 1932-07-31 (f. 48-54, com índice f. 55 a 57), também com a descrição do edifício da Igreja. O Inventário de 1938-12-31 (f. 57 v.º a 71) possui no início um resumo histórico e também a descrição do Templo, seguindo-se o inventário dos outros bens. Possui seis aditamentos (f. 71-74) e um índice (f. 74 v.º- 76 v.º). Possui ainda mais 4 inventários: de 1940-12-31 (com início na f. 76 v.º), de 1942-07-31 (f. 88 a 98); de 1944-07-31 (f. 98 v.º a 107); de 1946-11-30 (f. 107 em diante). Existe ainda um caderno solto com um formato diferente, contendo um inventário datado de 1949, em anexo.
Indicam-se os valores em dinheiro do Cofre da Irmandade e do Cofre dos Socorros; os valores em Inscrições de 3% da Dívida Interna Portuguesa (averbadas à Irmandade): número e o valor nominal; os valores em Inscrições de 3% da Dívida Interna Portuguesa (averbadas ao Cofre dos Socorros): número e valor nominal; o valor da propriedade da Rua do Alecrim e o valor da propriedade do pátio da Igreja, calculados sobre as rendas actuais e diminuindo 10 % para despesas de conservação.
Este conjunto é constituído unicamente por uma certidão da avaliação das peças de prata, propriedade da Irmandade do Santíssimo Sacramento, datada de 1917.
Documentos soltos, que se encontraram desorganizados e que foram acondicionados num maço subdividido em sete capilhas, por ordem cronológica, pelas datas de produção. Contém rascunhos, minutas, índices, de todo ou parte, de inventários (correspondendo aos Inventários elaborados em 1937, 1942, 1944, 1946, 1975 e outro não datado, do séc. XX), com excepção da cap. 05 que possui documentos relativos a doação de bens, avaliação e venda de objectos, datados de 1971 a 1975.
Diversos rascunhos, cópias, borrões e relações de inventários de bens, aditamentos aos inventários e rectificações, que foram transcritos de ou para os livros de inventário respectivos.
Série constituída por um livro com o Inventário das Alfaias pertencentes à Irmandade realizado em 1819, com diversas alterações datadas de 1830, segundo nota na folha de rosto.
Esta secção integra a documentação referente aos irmãos da Irmandade dos Clérigos Pobres, constituída por uma série de cartas patente de irmãos (1843-1877).
Incluíram-se nesta secção os conjuntos documentais relativos aos irmãos da Irmandade do Santíssimo Sacramento da Igreja da Encarnação, como as séries documentais de eleições e termos de posse dos membros da Mesa e outros cargos (1756-1959), promessas de jóias (1756-1779), livros de registo de entrada de novos irmãos (1771-1981), registo de irmãos falecidos (1888-1893), propostas de novos irmãos (1940-1997), colecção de cartas patente (1802-1978), ficheiro de irmãos (séc. XVIII-XIX), livros de anuais ou presidências (1771-1933), descarga das quotas dos irmãos (1985-1997), registo de provimentos das pessoas que trabalhavam para a Irmandade com salário (1761-1829) e documentos relativos à cerimónia de tomada de posse dos mesários da Irmandade (1937), protocolo de cerimónias e procissões (séc. XX).
Foram integrados nesta secção os conjuntos documentais referentes aos irmãos da Irmandade de S. Miguel e Almas, a saber: as séries de assentos de irmãos (1756-1878), relações nominais de irmãos (1826-1870), cartas patente dos irmãos (1826-1867) e livros de presidências ou anuais (1826-1870).