Série constituída por quatro livros de registo destinados à administração das casas que eram propriedade da Irmandade, incluindo o registo do pagamento das rendas e das dívidas dos inquilinos dessas propriedades.
Série constituída por um maço contendo conhecimentos ou recibos de juros dos padrões, de apólices e de capital mutuado e recibos de foros e rendas.
Série composta por um livro em que se registaram as actas das reuniões da Comissão de Obras encarregue de terminar as obras da Igreja, com o assento das decisões tomadas relativas ao aumento ou diminuição dos jornais dos operários, troca de papel em moeda para pagar as jornas, despedimento ou admissão de operários, aprovação dos desenhos (riscos) da obra e decisões relativamente ao planeamento das obras, entre outras.
Série constituída pelos compromissos e estatutos originais da Irmandade do Santíssimo Sacramento da Igreja da Encarnação de Lisboa. O Compromisso de uma irmandade ou confraria é o documento escrito que determina a sua natureza e fins, indicando geralmente as pessoas que podiam ser admitidas como irmãos ou confrades, os respectivos deveres e direitos, quais os órgãos que a administravam, como eram eleitos e quais as suas obrigações, que empregados a irmandade ou confraria podia ter e quais as fontes de receita de que dispunha e em que é que podiam ser aplicadas. O Compromisso da Irmandade do Santíssimo Sacramento da Igreja da Encarnação de 1788, que começou a ser preparado após o Terramoto de 1755, não chegou a ser aprovado. O primeiro compromisso aprovado data já de 1817. Esta série é constituída pelos originais dos Compromissos e alguns documentos anexos, referentes aos anos de 1817, 1861, 1893, 1913 e 1935.
O Compromisso da Irmandade indica o modo como se deviam aceitar novos irmãos e quais as suas obrigações e direitos, a forma como se devia proceder à eleição dos membros da Mesa e as obrigações de cada um. Indica ainda a forma como deviam ser escolhidos e os deveres das pessoas que trabalhavam para a Irmandade com ordenado, as condições em que podiam ser aceites irmãos como pobres e em que condições os irmãos em geral podiam ser expulsos, como proceder em caso da morte de um irmão, entre outros. Série constituída apenas por um livro, organizado em sessenta e dois artigos divididos por vinte e um capítulos. No final tem o termo de aprovação pela Junta Grande da Irmandade do Arcanjo S. Miguel e Almas da Freguesia de Nossa Senhora da Encarnação, com as assinaturas de todos os irmãos presentes e Carta Régia de Confirmação do Compromisso, datada de 18 de Fevereiro de 1832.
Série constituída por um único maço com documentos relativos à criação de uma Comissão Propagadora do Montepio Eclesiástico do Reino, eleita em Assembleia-geral do Montepio Eclesiástico, em sessão de 10 de Junho de 1845 e sua divulgação.
Série constituída por um maço com a conta corrente da Irmandade com o Cofre da Colecta, relação das entregas de dinheiro dos rendimentos no Cofre da Colecta, relação dos rendimentos e dos encargos pios a que a Irmandade estava obrigada, contas das despesas com as obras de reedificação da Igreja de Nossa Senhora da Encarnação e expediente trocado entre a Irmandade e o Juízo da Colecta, incluindo ofícios, requerimentos, recibos, declarações e procurações.
Série constituída por um livro em que se registam mensalmente as receitas e despesas da obra da Igreja, durante o período que funcionou a Comissão de Obras.
Série constituída pelos textos de apoio necessários à tomada de posse dos novos mesários da Irmandade do Santíssimo Sacramento.
Colecção de cartas patentes de alguns irmãos da Irmandade de S. Miguel e Almas. Esta carta patente, entregue a cada irmão quando admitido na Irmandade, deveria ser entregue em caso de falecimento, juntamente com uma certidão dos pagamentos efectuados à Irmandade, para lhe serem aplicados os sufrágios a que tinha direito (doze missas e acompanhamento da Irmandade). Indica o nome do irmão, a data em que foi admitido, as referências ao seu registo no livro de Assentos dos Irmãos e data da patente.
Série documental constituída por dois maços com cartas patente de irmãos da Irmandade dos Clérigos Pobres, com datas entre 1843 e 1877, mas que dizem respeito a irmãos admitidos entre 1793 e 1877. As cartas foram organizadas por data de entrada na Irmandade dos Clérigos Pobres, seguindo a ordem do livro e folha em que foi registada a sua admissão.
Conjunto documental constituído por colecções de cartas patentes dos irmãos da Irmandade do Santíssimo Sacramento. As colecções estão organizadas em 4 maços, sendo constituído o primeiro por Cartas Patentes de diversos irmãos, admitidos entre 1802 e 1950; o segundo com Cartas patentes de 1978; o terceiro apenas com a Carta Patente do Príncipe D. Carlos, datada de 1885; o último apresenta diversas Cartas Patentes, em branco.
Série documental constituída por cinco livros "Caixa", com os registos de receita e despesa da Irmandade do Santíssimo Sacramento.
Série formada por uma colecção de trinta e seis cadernetas, reunidas em seis maços, contendo os canhotos dos recibos de quotas pagas pelos irmãos. As cadernetas estão organizadas cronologicamente por anos civis, até 1909. Depois desta data apresentam os recibos de vários anos. Falta a caderneta relativas ao ano de 1903 e as que correspondem aos anos de 1940 e 1942 a 1970. Podem estar incompletos os anos de 1937 a 1939, 1941 e 1971. Cada talão da caderneta apresenta os seguintes elementos: referência ao Livro dos Anuais (número e folha respectiva), certificação do pagamento pelo irmão indicando o nome, quantia satisfeita, ano a que respeita a quota paga, data e assinaturas do escrivão e do tesoureiro da Irmandade.
Série documental constituída por um livro contendo mapas com a comparação da despesa e da receita autorizada com a despendida e recebida efectivamente, organizada por verbas orçamentais.