José Maria Braga da Cruz foi membro do Conselho Fiscal do Salão Recreativo Bracarense, organização fundada com o propósito de promover o teatro moralizador.
José Maria Braga da Cruz esteve entre os fundadores do Centro Católico Português em 8 de agosto de 1917, e foi indigitado para presidir à Comissão Arquidiocesana de Braga. Foi um dos 13 delegados diocesanos que se reuniu em congresso, em 1919, tendo em vista a redação das “Bases Regulamentares”, depois aprovadas pelo papa Bento XV em dezembro do mesmo ano. Em abril de 1921 José Maria Braga da Cruz é o anfitrião do Congresso Arquidiocesano do Centro Católico Português realizado em Braga e apresenta a comunicação “O papel do Centro Católico na realização do seguro contra a velhice”, propondo também uma moção acerca das Irmandades e Misericórdias na organização do seguro contra a invalidez e sobre a limitação do desemprego involuntário. Em 10 de julho de 1921 foi eleito deputado para a V Legislatura pelo Centro Católico Português, partido que também colocava António de Oliveira Salazar no parlamento, embora este o tivesse abandonado logo após as primeiras sessões. Após a instauração da ditadura nacional em 1926 e com a adesão de figuras preponderantes do Centro Católico Português ao novo regime, começaram a colocar-se problemas de sobrevivência das suas políticas, sendo que a ligação de José Maria Braga da Cruz ao Centro Católico Português esmorece.
José Maria Braga da Cruz presidiu à Comissão Arquidiocesana da Ação Católica Portuguesa em Braga a partir de 26 de junho de 1934, a convite do arcebispo-primaz de Braga, D. António Bento Martins Júnior.
José Maria Braga da Cruz associou-se ao Centro Académico de Democracia Cristã nos tempo em que frequentou a Faculdade de Direito da Universidade de Coimbra, entre 1906 e 1911, mantendo contacto com as actividade do Centro ao longo da vida. O Centro Académico de Democracia Cristã havia sido fundado em Coimbra por Francisco José de Sousa Gomes, pai da sua futura esposa. José Maria Braga da Cruz viria a integrar a sua direção, juntamente com António Augusto de Castro Meireles e José Diniz da Fonseca.
José Maria Braga da Cruz filiou-se como sócio efeito do Instituto Minhoto de Estudos Regionais em novembro de 1943, sendo o sócio n.º 15. Em 25 de julho de 1947 pediu a desvinculação ao instituto.
José Maria Braga da Cruz foi sócio da Empresa Minho Gráfico, estando entre os seus fundadores.
José Maria Braga da Cruz integrou, como vogal, o Grupo Paroquial da União Católica da Freguesia da Sé em 17 de janeiro de 1930. Esta comissão foi criada com o propósito de promover obras de restauro e de manutenção nos edifícios da Sé Primacial de Braga.