Nesta secção organizaram-se todos os conjuntos documentais produzidos pelos vários órgãos aos quais competia a administração da Irmandade do Santíssimo Sacramento: Mesa, Assembleia-geral e Comissão Administrativa: incluíram-se as séries de livros de registo das deliberações tomadas em reuniões de Mesa (1803-1893), determinações da Mesa (1757-1834), Acórdãos da Mesa da Irmandade (1698-1828), das actas das reuniões da Assembleia-geral (1866-1893 e 1978-1997), da série de livros de registos comuns à Mesa e à Assembleia-geral (1894-2000), a de actas das sessões da Comissão Administrativa da Irmandade (1911-1912) e a série de registo de presenças nas reuniões da Assembleia-geral da Irmandade (1892-1955 e 1982-1998).
Série constituída por dois livros “especiais” pertencentes à Irmandade do Santíssimo Sacramento da Igreja de Nossa Senhora da Encarnação: o livro de Memórias Úteis e o da Genealogia da Condessa de Pontével, fundadora da Igreja e Freguesia de Nossa Senhora da Encarnação.
Incluíram-se nesta secção os conjuntos documentais relativos aos irmãos da Irmandade do Santíssimo Sacramento da Igreja da Encarnação, como as séries documentais de eleições e termos de posse dos membros da Mesa e outros cargos (1756-1959), promessas de jóias (1756-1779), livros de registo de entrada de novos irmãos (1771-1981), registo de irmãos falecidos (1888-1893), propostas de novos irmãos (1940-1997), colecção de cartas patente (1802-1978), ficheiro de irmãos (séc. XVIII-XIX), livros de anuais ou presidências (1771-1933), descarga das quotas dos irmãos (1985-1997), registo de provimentos das pessoas que trabalhavam para a Irmandade com salário (1761-1829) e documentos relativos à cerimónia de tomada de posse dos mesários da Irmandade (1937), protocolo de cerimónias e procissões (séc. XX).
Nesta secção incluíram-se diversos conjuntos documentais que a Irmandade produzia para atestar a posse, inventariar e administrar os bens doados pelos diversos testadores. Esta secção está organizada em duas subsecções documentais distintas: Inventários de bens (IN) e gestão das propriedades e inquilinos (PR).
Nesta secção reúnem-se todos os conjuntos documentais que testemunham a administração financeira da Irmandade: orçamentos e contas de gerência (1841-1985), registo de orçamentos (1931-1946); livros de receita e despesa dos tesoureiros (1752-1763), os subconjuntos de livros de receita do tesoureiro (1763-1804), de despesa do tesoureiro (1763-1805), de administração das capelas e outros legados pios (1720-1768) e de despesa de obras (c. 1775-1824); inclui-se ainda nesta secção as séries de receita e despesa da Fábrica da Igreja (1753-1802), dos documentos comprovativos das receitas e despesas (1724-1882 e 1934-1987), receita e despesa do andador (1775-1802) e a subsérie de registo de receita e despesa da Fábrica, quando o seu registo estava à responsabilidade do Procurador (1804-1827), a de demonstração das despesas anuais da Irmandade (1806), escrituração mensal da Irmandade (1806-1807), conta da receita e despesa do tesoureiro (1806-1822), tombo dos bens e rendimentos da Irmandade (1806-1820), conta corrente com os devedores e credores da Irmandade (1771-1822) e com o procurador da Mesa (1812-1817), de registo de conhecimentos (1814-1846), as séries de livros Diário (1822-1947), Cofre e Contas (1822-1843 e 1844-1945), Razão (1822-1864), receita por lembrança (1822-1828), Livro dos Padrões (1822-1834) e cartas de padrão (1605-1813), extractos de contas por verbas orçamentais (1890-1892), Legados Pios (1891-1946), de receita e despesa da imagem do Senhor Jesus dos Passos (1904-1910), Livro Caixa da Comissão Administrativa (1911-1912) e da Irmandade (1938-1986), a de balanço da despesa (1934-1938), a de livro de verbas (1978-1985), de movimento diário de receita e despesa (1993-1995), as séries de livros de guias de despesa (1901-1909) e de receita (1923-1924), das cadernetas de recibos de quotas pagas pelos irmãos (1894-1971), recibos de donativos e jóias (1922-1938), verbetes para a passagem de quotas (1936), lista de donativos para obras (1939) e a colecção de recibos de rendas de casas (1911-1979). Esta secção inclui ainda duas subsecções: Cofre dos Socorros (1893-1935) e Conta Particular do Tesoureiro Colffs (1790-1803).
Esta secção reúne os conjuntos documentais respeitantes à gestão administrativa da Irmandade do Santíssimo Sacramento: as séries de copiadores de correspondência expedida (1822-1827 e 1862-1936), a colecção de correspondência recebida e expedida (entre 1866 e 1995), incluindo uma colecção da correspondência trocada entre a Irmandade e o Patriarcado (1934-1993). Existe ainda um livro destinado ao registo da correspondência recebida, mas sem nenhum assento.
Foi incluída nesta secção a documentação que diz respeito à constituição, regulamentação e orgânica da Irmandade do Santíssimo Sacramento e todos aqueles documentos que estabeleciam privilégios, direitos e deveres dos irmãos e empregados da Irmandade: as séries de Compromissos e Estatutos originais (1817-1935), a de Estudos, projectos, cópias e outros documentos relativos aos Compromissos e Estatutos da Irmandade (1788-1991), a de Regulamentos internos da Irmandade do Santíssimo Sacramento (1923-1924) e a de Compromissos e Estatutos de outras Irmandades e Confrarias (1955-1987).
Esta secção é constituída pelos diversos conjuntos documentais relativos às obras realizadas na Igreja e noutros imóveis pertencentes ou a cargo da Irmandade do Santíssimo Sacramento e aqueles que foram produzidos pela Comissão encarregue de terminar as obras de reedificação da Igreja e do Projecto Gratuito. Incluíram-se aqui as séries de registo das conferências da Comissão de Obras (1820-1824), projecto de Empréstimo Gratuito (1819), receitas e despesas do Cofre das Obras (1820-1825), empréstimo para a obra da Igreja (1820-1880), receita proveniente dos peditórios para as obras (1822) e os documentos referentes às rifas, cujo produto se destinava também a custear as obras (1822).
Série constituída pelo conjunto de desenhos ou plantas e alçados do edifício e partes do edifício ou desenhos de ornamentos destinados à Igreja, que foram acondicionadas separadamente da documentação textual, unicamente por razões de preservação. Aos desenhos ou plantas idênticos foram atribuídas referências iguais, acrescentada de uma letra (a, b, c, …), ou indicada em nota a localização dos originais e cópias.
Da organização inicial do Cartório da Irmandade do Santíssimo Sacramento possuímos um inventário que descreve especificamente os livros e papéis existentes no Cartório, datado de 1820, em que os documentos estavam organizados em maços por armários. Existe ainda um inventário de bens da Irmandade realizado pelo Procurador da Mesa entre 1857 e 1859, que contempla também os documentos do Cartório. Foi com esta última organização que alguns dos documentos chegaram até aos nossos dias e que seguimos para reorganizar os restantes. Neste último inventário estão descritos documentos organizados em maços e agrupados em sete séries documentais diferentes, com as seguintes designações, que foram mantidas nos títulos das séries: 4 maços de “Títulos”, 3 maços de “Devedores”, um de “Credores”, 3 “Maços de Differentes Objectos”, um de “Relação d'Arrendamentos - Relações d'Inquilinos”, um “Maço de Conhecimentos” e um “Maço da Colecta”.