Aqui se inclui a colecção da correspondência recebida pela Irmandade do Santíssimo Sacramento. Falta a correspondência que respeita aos anos de 1895 a 1911 e de 1959 a 1977. Alguns documentos apresentam o despacho da Mesa relativamente ao(s) assunto(s) tratado(s). Por vezes inclui também minutas e cópias das respostas às cartas, ofícios ou requerimentos recebidos. Existe uma subsérie documental constituída por correspondência trocada com o Patriarcado, referente aos anos entre 1934 e 1993, com a ref.ª PT-INSE-ISSIE/GA/02/01.
Série composta apenas por um livro, constituído segundo a art.º 108.º do Regulamento Geral das Associações de Fiéis, sem registos.
Série documental constituída por dezassete livros, com os registos de receita e despesa da Fábrica da Igreja Paroquial de Nossa Senhora da Encarnação, respeitando, cada um destes livros, a um ou mais anos económicos, apresentando as contas do irmão tesoureiro respeitantes à gestão económica da Igreja. A apresentação das verbas de receita e despesa da Fábrica é realizada da mesma forma que nos livros dos livros da receita e despesa da Irmandade (ver séries com a ref.ª PT-INSE-ISSIE/GF/03, PT-INSE-ISSIE/GF/03/01 e PT-INSE-ISSIE/GF/03/02). Inclui, como nas séries referidas, um resumo da receita e um resumo da despesa no final de cada ano económico ou quando se verifica mudança de tesoureiro, um termo de encerramento da conta, assinado pelo juiz, procurador da Mesa, procurador da Irmandade e pelo escrivão, este último também responsável pela escrita dos livros, assinando, juntamente com o tesoureiro, os registos de recebimentos e pagamentos. Os livros 1 a 3 apresentam também um índice inicial, com um alfabeto da receita e um da despesa, separados, referentes a cada um destes livros, fazendo referência à receita e à despesa e indicando o fólio respectivo.
Série documental constituída por quatro livros em que se lançam as verbas da receita e despesa da Fábrica da Igreja, continuando cronologicamente a série com a ref.ª PT-INSE-ISSIE/GF/04, apresentando uma disposição diferente da informação. Em 1804, os pagamentos e recebimentos relativos à Fábrica da Igreja passam a ser da responsabilidade do Procurador da Mesa e não do Tesoureiro da Irmandade.
Série documental composta por dois livros de registo dos conhecimentos entregues ao Procurador da Mesa (1814-1817), no primeiro livro, e ao Tesoureiro da Irmandade (1820-1846), no segundo livro.
Série documental constituída por nove livros, com registos relativos ao período compreendido entre 1822 e 1945. Entre 1822 e 1843, correspondendo ao primeiro livro e parte do segundo, os assentos da receita e despesa estão todos descriminados, correspondendo a cada entrada e saída de valores do Cofre da Irmandade. A partir de 1844, conforme as Instruções do Governo Civil de Lisboa de 12 de Dezembro de 1843, o registo descriminado da receita e despesa consta do livro "Diário". Neste livro de Contas a receita e despesa aparecem com os valores acumulados anualmente, por verbas orçamentais. No final de cada ano económico apresenta-se um termo de encerramento da conta da receita e despesa, assinado pelos membros da Mesa da Irmandade. O Livro de Contas era enviado, juntamente com os orçamentos e com os documentos de despesa, devidamente numerados e organizados em maços, também por verbas orçamentais, ao Administrador do Bairro Alto que, depois do seu exame e conferência, enviava para aprovação ao Conselho de Distrito, que registava no Livro de Contas um termo do Acórdão de aprovação das contas pelo referido Conselho. Entre 1844 e 1859 eram enviados também os Livros "Diário", situação que se alterou com as Instruções do Governo Civil de 1859.
Série documental constituída por um livro com canhotos e talões de guias de receita. Os canhotos utilizados foram retirados do livro e ficaram apenas as guias em branco.
Série documental constituída por um livro, contendo os assentos da despesa da Irmandade do Santíssimo Sacramento, realizados por Francisco António Colffs, Tesoureiro da mesma Irmandade, entre 1790 e 1803.
Diversos rascunhos, cópias, borrões e relações de inventários de bens, aditamentos aos inventários e rectificações, que foram transcritos de ou para os livros de inventário respectivos.
Correspondência trocada entre a Irmandade e os inquilinos das casas anexas à Igreja e das lojas da Rua do Alecrim, de que a Irmandade era a proprietária.
Esta série inclui dois estudos e projectos de acabamento ou remodelação e um relatório de vistoria ao estado de conservação da Igreja de Nossa Senhora da Encarnação: o projecto de obra de acabamento da frontaria da Igreja em 1866-1867, o projecto promovido pela Irmandade para remodelação e ampliação dos anexos da Igreja em 1984 e o relatório da vistoria realizada antes da construção do parque de estacionamento subterrâneo, na Praça Luís de Camões, em 1999.
Série documental constituída por três livros, contendo a transcrição dos termos das eleições para os diferentes órgãos gerentes da Irmandade (Mesa e Mesa de Definição ou Assembleia-geral) e dos termos de posse de empregados, obrigações, procurações, inventários, entre outros.
Série constituída por um único livro com o registo do termo de admissão de irmão do Príncipe D. Carlos na Irmandade do Santíssimo Sacramento da Igreja da Encarnação em 1885, a convite da mesma Irmandade.
Esta série é composta por 16 livros com os assentos das sessões da Mesa e também da Assembleia-geral da Irmandade do Santíssimo Sacramento até 1978. Depois de 1978, as actas da Assembleia-geral aparecem registadas em livros à parte, na série com o título Actas das Sessões das Assembleias-gerais ordinárias e extraordinárias (ref.ª PT-INSE-ISSIE/AO/06). As actas estão organizadas internamente por ordem cronológica da data da reunião. Os assuntos tratados em Mesa da Irmandade consistiram sobretudo em discussão dos orçamentos ordinários e suplementares para o ano seguinte, exame das contas relativas ao ano económico findo, aquisição de inscrições, recebimento de ofertas, donativos e legados, aprovação das despesas extraordinárias como festividades, obras e outras, revisão de inventários, inquilinos e arrendamento das propriedades, contribuição predial, entre outros. Os assuntos discutidos na Assembleia-geral consistiram essencialmente na aprovação da entrada de novos irmãos, aprovação dos Relatórios e Contas da Irmandade, eleição da Mesa e do Conselho de Definição, estado financeiro da Irmandade e do Cofre dos Socorros, seguro do edifício, preparação e aprovação de novos Estatutos, entre outros.
A partir de Maio de 1978 torna a fazer-se um registo separado para as actas das reuniões das Assembleias-gerais ordinárias e extraordinárias da Irmandade. Os assuntos tratados são os mesmos que nas séries com os títulos: Actas da Assembleia-geral (ref.ª PT-INSE-ISSIE/OA/04), em que estão registadas as actas das Assembleias-gerais de 1866 a 1893 e Actas das Sessões da Mesa e Assembleia-geral (série ref.ª PT-INSE-ISSIE/AO/05), em que estão registadas as actas da Assembleia-geral da Irmandade, de 1894 a 1978, interpoladas com as actas das sessões da Mesa da Irmandade.