O Hospital da Irmandade dos Clérigos do Porto, em concordância com a missão base da Irmandade, foi criado com o objectivo de socorrer os clérigos pobres e doentes da cidade, incluindo os que não eram Irmãos. Oficialmente designado como Hospital da Irmandade, é comum ser referido na documentação da época apenas como Enfermaria, provavelmente em referência à casa da enfermaria, na qual se encontravam os leitos onde eram instalados os enfermos. Para além desta divisória principal, o Hospital incluía igualmente um altar, uma casa da sacristia, cozinha e um quarto para o Enfermeiro-Mor.
O Hospital estava sob imediata superintendência do Presidente ou, por delegação deste, do Secretário da Irmandade. A gerência e fiscalização desta secção de assistência física e espiritual, por sua vez, estavam incumbida a um deputado da Mesa, que tinha a obrigação de visitar a mesma diariamente durante os meses em que exercia a função de mordomo do Hospital. A nível interno, o Hospital era dirigido pelo Enfermeiro-Mor e contava igualmente com enfermeiros menores, cirurgiões e médicos, assim como um conjunto de criados e ajudantes, dos quais se destaca o Moço da Enfermaria.
O tratamento fornecido no Hospital da Irmandade incluía duas vertentes: a admissão no Hospital e a assistência aos clérigos doentes nas suas próprias casas. A assistência domiciliária era preferível no caso de doenças contagiosas e o socorro por conta da Irmandade, para além dos cuidados igualmente prestados aos doentes admitidos na enfermaria - com apoio do médico, cirurgião e boticário -, incluía ainda uma esmola. Tanto no caso de admissão como de apoio domiciliário, os clérigos contavam ainda com assistência espiritual - nomeadamente no momento da morte - e com o direito ao enterro, em caso de falecimento.
O período de maior vigor em termos de funcionamento do Hospital da Irmandade, segundo a documentação produzida pelo mesmo, parece ter-se situado entre meados do século XVIII e a década de 20 do século XIX. Em sessão da Mesa de 12 de Fevereiro de 1841 foi deliberado que se tornasse a estabelecer o Hospital para curativo dos Irmãos pobres e doentes e, de facto, nos Estatutos da Irmandade de 1871 ainda há referência à existência do mesmo, apesar de não se conhecer documentação deste período. A partir do século XX, a menção ao Hospital parece desaparecer da documentação e dos documentos regulamentares da Irmandade.
Esta secção engloba toda a documentação que se relaciona com a gestão administrativa e financeira do Hospital e com os irmãos doentes que se recolheram no mesmo, nomeadamente: registo de entradas e óbitos; receitas prescritas pelos médicos; recibos dos enfermeiros, dos médicos e dos cirurgiões; despesa da enfermaria e uma série documental relativa ao fundo do Hospital. Engloba ainda um inventário, que contempla a descrição do altar da enfermaria, sacristia, casa da enfermaria, roupa de cama, serviço de mesa e cozinha, assim como alfaias diversas.
O Secretariado das Novas Igrejas do Patriarcado (SNIP), criado em 1961 em resposta aos desafios levantados pelo território urbano em rápida expansão, foi um gabinete de características únicas no nosso país, tendo seguido os passos de outras estruturas europeias similares, em particular o “Centro di Studio e Informazione per l’Architettura Sacra”, de Bolonha, como consequência do estágio ali efetuado em 1960 pelo arquiteto Diogo Lino Pimentel, com o apoio da Fundação Calouste Gulbenkian. De Bolonha, o SNIP herdou uma matriz de intervenção atenta às dinâmicas urbanas e sociais próprias de um território em expansão e reestruturação, associada à tradução de conceitos pastorais numa arquitetura integrada nas características formais de cada local.
A criação do SNIP marcou o início de uma época de construção de edifícios religiosos sem paralelo na história da arquitetura portuguesa. Ao longo de cinco décadas, que acompanharam os episcopados dos Cardeais Cerejeira (1929-71), Ribeiro (1971-98) e Policarpo (1998-2013), o SNIP fez consultadoria, elaborou pareceres, planeou território, projetou igrejas novas e interveio em antigas, contabilizando-se hoje mais de 200 obras e projetos que conheceram aquele serviço. Dentre este vasto conjunto, ganham particular interesse histórico e social, as capelas-salão, de que se construíram cerca de 30 unidades em 19 concelhos distintos.
Na sequência da criação das dioceses de Santarém e de Setúbal, em 1975, a documentação do arquivo do SNIP relativa a projetos e obras situados no território que passou do Patriarcado para essas dioceses foi também ela transferida para os respetivos arquivos diocesanos.
O SNIP esteve ativo até 2014.