A Mesa da Irmandade dos Clérigos do Porto constituía o sector central de administração e gestão do funcionamento da Irmandade. Este órgão tinha a competência base de administrar a Irmandade, o que se reflectia em diversas valências, tais como: criação de regulamentos gerais e internos para o bom regime da Irmandade; admissão e expulsão de Irmãos; nomeação e despedimento de empregados; aplicação de multas e penalidades; distribuição dos cargos pelos Deputados, segundo as habilitações específicas de cada um; assim como pela administração de bens, nomeadamente dos legados, e organização económica e contabilística da Irmandade.
Os membros da Mesa eram eleitos de entre todos os Irmãos suis juris do sexo masculino - com excepção dos devedores à Irmandade e seus fiadores, dos membros de uma Mesa anterior dissolvida pela autoridade superior e membros que fossem parentes até ao segundo grau - para desempenho dos seguintes cargos: Presidente; Vice-Presidente; Secretário; Ex-Secretário; Tesoureiro; e deputados.
O cargo de Presidente era preferencialmente ocupado pelo Bispo da cidade do Porto, no caso deste pertencer à Irmandade e ter disponibilidade para desempenhar a função. Quando tal não se verificava, o cargo deveria ser ocupado por um eclesiástico presbítero de reconhecida virtude, probidade e ciência e que tivesse sido admitido na Irmandade pelo menos cinco anos antes da eleição. A função principal do Presidente era a de exercer a inspecção sobre toda a Irmandade e seus funcionários, no governo administrativo e económico. Para tal devia obrigar todos os Irmãos ao cumprimento dos Estatutos; zelar pelo cuidado no culto divino; presidir os acompanhamentos, enterros e actos processionais; assim como mandar nomear uma comissão para assistir aos enterros dos Irmãos, quando estes se realizavam fora da Igreja dos Clérigos; mandar subsidiar por conta da Irmandade os Irmãos e clérigos pobres; assinar todos os documentos e livros que necessitassem da sua assinatura; e presidir a todas as Mesas, Definitórios, Juntas e Assembleias da instituição. A partir dos Estatutos de 1871, o cargo de Presidente passou a ser coadjuvado nas suas funções pelo Vice-Presidente, que o deveria substituir nos seus impedimentos.
O cargo de Secretário deveria ser desempenhado por um Irmão sacerdote, residente no Porto ou subúrbios, com serviços prestados como Deputado da Mesa e com um mínimo de quatro anos de serviço à Irmandade antes da eleição. Este cargo é verdadeiramente central no que diz respeito à produção documental da Irmandade, pois o Secretário estava encarregado de toda a escrituração, da qual se destacam: os termos de entradas e juramentos dos Irmãos admitidos; listas de Irmãos para diversos fins; redacção e preparação das tabelas, pautas e listas utilizadas na Sacristia; registar num rol todas as heranças, legados e testamentos em incumprimento; assim como elaborar um rol de pleitos e demandas pendentes. O Secretário deveria ainda tratar do expediente da Mesa, assim como actualizar os inventários da Igreja, Sacristia, Enfermaria e Capela de Nossa Senhora da Lapa; escrever as cédulas através das quais o Tesoureiro procedia aos pagamentos e manter um registo actualizado de todos os acontecimentos que lhe parecessem dignos de nota e relevantes para a posterioridade, num livro de Memórias Históricas da Irmandade. Esta pluralidade de funções - que incluíam igualmente competências de administração e guarda do cofre e de responsabilidade sobre as esmolas de entrada, anuais, multas e dívidas - tornou imprescindível a existência de cargos auxiliares do Secretário, através das figuras do Ex-Secretário e do Cartorário. O Ex-Secretário - posteriormente designado de Vice-Secretário - tinha as funções de fornecer informações relativas a assuntos pendentes da Mesa anterior; garantir o retorno de documentação em falta; auxiliar e substituir o Secretário; e garantir a organização e segurança da Casa da Secretaria. O Cartorário, por sua vez, era um funcionário remunerado, que deveria auxiliar o Secretário em todas as suas funções a troco de uma gratificação.
O cargo de Tesoureiro deveria ser desempenhado por um Irmão secular da Irmandade, com bens próprios consideráveis e ser uma pessoa de comprovada probidade. Este funcionário tinha as seguintes competências: realizar os pagamentos de acordo com as cédulas escritas pelo Secretário e assinadas pelo Presidente; recolher cuidadosamente todo o dinheiro que estivesse fora e cobrar todas as dívidas; receber os produtos resultantes das arrematações; aplicar as cobranças das dívidas, foros e pensões devidas à Irmandade; pagar as despesas ordenadas pelo Presidente e Secretário e prestar contas à Mesa quando este órgão administrativo o solicitasse.
Os Deputados da Mesa, geralmente em número de seis (três vogais e três suplentes), deviam ser constituídos por Irmãos eclesiásticos e seculares, de posses e terem sido admitidos com um mínimo de três anos antes da eleição, uma vez que a antiguidade na Irmandade era a base de precedência entre os Deputados. De entre este grupo, no período inicial de funcionamento da Irmandade, destacava-se o Primeiro Deputado, que tinha a competência de substituir o Presidente nos seus impedimentos. Os mesários deveriam assistir a todas as sessões da Mesa, Definitório, Junta e Assembleia – das quais deveriam manter devido sigilo acerca dos assuntos discutidos –, assim como participar em todos os actos de culto público da Irmandade. Este grupo desempenhava ainda funções específicas ao integrar comissões encarregadas pelo Presidente ou Mesa e no desempenho de cargos na Irmandade, nomeadamente no caso do Hospital.
Devido às competências da Mesa e dos cargos que a constituem, esta secção engloba um conjunto muito diversificado de documentação relativa à origem e história da Irmandade dos Clérigos, aos membros que a constituem e à gestão e funcionamento da mesma. Entre a documentação incluída nesta secção, encontram-se unidades e séries documentais constituídas por textos regulamentares; actas e termos dos órgãos de gestão; livros de registo da entrada, expulsão e óbito dos Irmãos; registos de aplicação de penalidades e multas; pautas de serviço religioso e de assistência aos clérigos pobres e doentes; registos de correspondência e de requerimentos dirigidos à Mesa. A documentação representa também uma forte vertente de constituição e administração do património, através de livros de contabilidade geral; guias e mandados de pagamento; documentação relativa a casas arrendadas e a legados; registo de despesas e decisões relativas à construção, obras e manutenção do edifício da Irmandade e ainda documentação relacionada com os diversos pleitos e processos contenciosos. Foi igualmente incluída nesta secção alguma documentação produzida em virtude das competências de órgãos de gestão que foram extintos ao longo da história da Irmandade. É o caso, por exemplo, dos Termos e Actas do Definitório, órgão consultivo que já não surge em vigor nos Estatutos da Irmandade de 1940.
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